До недавнего времени Корпус поставлял 2700 морских пехотинцев в год для нужд Командования Специальных Операций (Special Operation Command - SOCOM), но 24 февраля 2006 года, после нескольких лет переговоров между Департаментом обороны и Корпусом, была создана отдельная структура под названием Командование Специальных Операций Сил Морской Пехоты (Marine Forces Special Operations Command - MARSOC), которая подчиняется SOCOM напрямую.
Морские пехотинцы осуществляют охрану посольств и других миссий в иностранных государствах в сотрудничестве со Службой Дипломатической Охраны (Diplomatic Security Service). Также морские пехотинцы оказывают содействие в охране Белого Дома и резиденции в Кэмп Дэвиде, обеспечивают президента вертолётом из состава HMX-1 (Marine Helicopter Squadron One), базирующегося на базе морской пехоты Квантико в штате Вирджиния (Marine Corps Base Quantico, Virginia), а оркестр морских пехотинцев, известный как «The President’s Own», музицирует для нужд президента США и государства.
Командующий Корпуса отчитывается перед секретарём департамента военно-морского Флота (Department of the Navy), но при этом сам Корпус не является частью Флота. Флот осуществляет доставку, материально-техническое обеспечение и поддержку сил морской пехоты во время боевых действий на суше, в то время как Корпус отвечает за проведение наземных операций по поддержке боевых действий на море, включая захват морских и воздушных баз. Авиация Корпуса располагается на авианосцах наряду с авиацией военно-морских сил. Академия Флота готовит офицеров Корпуса, лётчики Корпуса проходят тренировки на базе флотской авиации, а Корпус в свою очередь тренирует для него офицеров-инструкторов по строевой подготовке. Так же с тех пор, как Корпус не проводит обучение капелланов (chaplain) и санитаров (corpsman), офицеры и моряки из Флота выполняют эту роль - действуют под командованием морских пехотинцев и носят их форму, но со своими знаками различия.
